Fondée le 10 novembre 1979, l’association est destinée à « animer le protestantisme strasbourgeois » afin de lui « faire prendre conscience de son unité ».

Le CPS a pris la suite du « Conseil interparoissial luthéro-réformé de Strasbourg », dont le fonctionnement était jugé « trop lourd et inadapté à la situation strasbourgeoise » ; le CPS est conçu pour être plus souple, et surtout pour intégrer des Églises « libres », les mouvements et institutions. Les activités du CPS, dès ses premières années, permettent de préciser le projet : les assemblées générales, au printemps, sont toujours succédées d’assemblées d’automnes, dédiées à des thématiques théologiques. Depuis 1980, le CPS tenait un stand à la Foire européenne pour « manifester une présence protestante » ; il organise, en 1987, la « Fête du protestantisme », ainsi qu’une longue série de dîners-débats, conférences (souvent en partenariat avec l’AUP), des offices (longtemps œcuméniques) à l’occasion de la fête nationale, d’autres fêtes et rassemblements, notamment avec les paroisses de Kehl. Son « groupe interconfessionnel transfrontalier » contribue, en 1994, à l’organisation de la rencontre « Deux rives, une source », après avoir (déjà) envisagé l’animation commune de la chapelle du Port du Rhin. Les actions de Noël du CPS incluaient les chants sur la place Kléber et, depuis 1997, le « Offenes Singen » (chant participatif) au Temple Neuf. De nombreux contacts avec le catholicisme incluent des célébrations œcuméniques lors de la Semaine sainte et de l’Avent, les rencontres « prêtres-pasteurs » et une commission œcuménique qui formera l’association commune avec la Zone pastorale catholique, « Initiatives œcuméniques ». Aussi, le CPS publiait, pendant quelques années, un bulletin informant de ses activités, et portait déjà avec les paroisses le magazine « Ensemble », réunissant des journaux d’information protestants dans l’agglomération.